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Les travaux de Laurent Bonnefoy portent sur les mobilisations politiques et religieuses de la péninsule arabique, notamment le salafisme au Yémen. Il a rejoint le CERI en janvier 2013 et il a exercé la fonction de deputy principal investigator dans le cadre de l'advanced grant du Conseil européen de la Recherche intitulé “When authoritarianism fails in the Arab world” (WAFAW-2013-2017).
Entre 2001 et 2003, il a été chercheur associé au Centre français d’archéologie et de sciences sociales de Sanaa (CEFAS) et, de 2010 à 2012, chercheur MAE à l’Institut français du Proche-Orient (Ifpo). Il a aussi exercé comme consultant auprès de l'International Crisis Group (2009).
Il vient de rentrer d'une affectation du CNRS pendant 3 ans à Oman, où il a coopéré avec Sultan Qaboos University.
Parmi ses publications, il est l'auteur de Salafism in Yemen, transnationalism and Religious Identity (Hurst, 2012) et Yemen and the World. Beyond Insecurity (Hurst, 2019).
Il est membre du comité de soutien à Fariba Adelkhah.